短縮時間分についてのみ、賞与の減額をしても差し支えありません。
育児・介護休業法では、制度を利用する労働者に対し、不利益取扱いの禁止が定められていますが、
退職金や賞与の算定にあたって算定期間から短縮時間相当分を控除することは、「不利益な取扱いに該当しない」ことが示されています。
また、厚生労働省の規則の規定例にて、育児・介護短時間勤務の「適用を受ける期間がある場合においては、短縮した時間に対応する賞与は支給しない」文言を例示している通り、上記の運用は一般的に想定されるものです。