まず前提として、マイナンバー取扱事務は、事業者・団体にとって義務的なものですが、従業員等においては、マイナンバーの提供を義務付ける規定はありませんので、提供を拒んだことを理由に罰則が科せられることはありません。
そのため、提供拒否があった場合には、まずは従業員に提出に応じるよう説得し、個人番号関連事務実施者としての義務を果たさなければなりません。その際には、それらの説明や説得等の経過を記録及び保存し、単なる義務違反でないことを明確にしておくことが重要となりますので、収集にあたっての説明、拒否の経緯をきちんと記録しておく必要があります。

また、単に一度の督促では収集のために尽力したと認められない可能性もありますので、数度にわたる説明と督促を行なってください。

なお、従業員が個人番号の提供を拒んだ場合を想定した、対応策として就業規則に次の規定を置くことが考えられます。
①マイナンバーを採用時の提出書類とする。
②マイナンバー提出への協力を服務規律とする。
➂マイナンバー未提出を懲戒事由とする。

基本的には、上記を規定しておき、雇用契約締結時に提出書類として要求することを画一的に定めた上で、定期的にマイナンバーについての研修を行い、その度に不提供者に対して提供を求めるなどといった、説明と提供の督促を定期的に行っていく制度・体制を構築していくことが望ましいでしょう。