基本的にご理解の通りです。
裁量労働制は、業務の遂行方法、時間の配分が大幅に労働者の裁量に委ねられる一定の業務に従事する労働者を対象に実際の労働時間ではなく、みなしの労働時間で管理するものです。
それに対して、フレックスタイム制では始終業の時刻を労働者に委ねますが、清算期間における法定労働時間と実労働時間との過不足を賃金に反映させますので一人の労働者に両方の制度を適用できるものではありません。

管理監督者の場合は労働時間の制約を受けないのでフレックスタイム制は適用されるものではありませんが、一方で管理監督者は業務の指示や進捗の確認を行う必要があります。
法令や就業規則の観点では適用されないとしても、マネジメントの視点ではフレックスタイム制の対象労働者に準じた出退勤を踏まえてもらう意識づけは大切だと申し上げておきます。