労働基準法におきましては、「年次有給休暇は日単位で取得することが原則ですが、労働者が希望し、使用者が同意した場合であれば、労使協定が締結されていない場合でも、日単位取得の阻害とならない範囲で半日単位で与えることが可能」と述べられているにとどまり厳密な時間配分等までは述べられておりません。

よって御社にてご提案の「始業時間から4時間勤務し、その後半日休暇（3時間）」または「始業時間から3時間の半日休暇をとったあと終業時刻まで4時間の勤務」とするといった運用も制度運営上、問題ないものと解されます。ただし、運用管理側は管理が難しい事も考えられます。

よって昼の休憩時間を挟んで午前半休、午後半休とするケースが一般的です。
出社・退社時間を調整する、半日休暇の際は休憩時間にとらわれず半日の実働労働時間をベースとして考えられている事業所が多いかと存じますので、ご参考までにお伝え申し上げます。