所定労働時間を場当たり的に変更することはできませんので、就業規則により所定労働時間が9:00～17:30と定められている以上は、基本的に早退という扱いになります。

ただし、自己都合による早退の場合は時間分の賃金控除となりますが、
会社都合による早退である場合は、休業手当を支払わなければなりません。

自己都合による早退と会社都合による早退では賃金の支払が異なるため、働いていない時間に対して適切な報酬を支払うための対処が必要となります。
勤怠システムに備考欄等の詳細を記入できる項目があるのであれば、9時～16時で申請してもらい、早退の理由が会社都合であった旨を記録してもらうことが宜しいかと存じます。そういった機能がない場合は、勤怠管理をする担当者が休業時間や休業手当支払対象者等を詳細に把握し、計算する必要がございます。

今回の場合の働いていない1.5時間に対しての休業手当の有無に関しては以下の通りに考えます。

労働基準法26条においては、「使用者は、休業期間中当該労働者に、その平均賃金の100分の60以上の手当を支払わなければならない」とされています。休業の期間（時間）に関する規定がないため、休業が丸1日であっても、1日のうちの一部であっても、同条が適用されます。つまり、休業により所定労働時間未満の就労となった場合、1日の賃金として、平均賃金の60％以上は必ず支払わなければならないということになります。

今回の実際の就労時間と賃金額を考えた場合、1日の平均賃金の60％に相当する分の労働はに対する賃金は支払われていると考えられます。したがって、働いていない1.5時間に対して改めて休業手当を支払う必要はございません。