はじめに確認ですが、派遣先の所定労働時間にかかわらず、貴社の所定労働時間を超えれば残業手当を支払うということは、あくまでも就業時間や勤務日を派遣先にあわせるのであり、年間休日や所定労働時間は貴社のものを適用させるということでよろしいでしょうか。

派遣先ごとに所定労働時間を設定すれば、個別に単価の算出方法が異なり、給与計算及び管理が煩雑になりますので、上記を前提として回答いたします。

(1)
◇所定労働時間は派遣先に合わせるものとする
→「派遣スタッフの勤務日、就業時間ならびに休憩時間は派遣先に合わせるものとする。」
　所定労働時間ではなく、就業時間を合わせる、としたほうがよいかと思います。　
◇残業手当は派遣先の所定労働時間に関わらず、当社の所定労働時間を超えた分について支払うものとする
→併せて、派遣先の所定労働時間が満たない場合でも賃金控除を行わない旨を記載すれば、派遣労働者にとってよりわかりやすいものになるかと思います。

(2)
例として、所定労働時間が御社より短い企業で、御社の所定労働時間分勤務した場合でも、上記で超えた分について残業手当を支払うと明記しているため、越えた分に対する賃金の支払は不要です。


その他、貴社と派遣先で年間休日数が異なる場合の対応の調整方法など（貴社の休日数が派遣先よりも多い場合、少ない場合等）就業規則へ明記するかどうかは別ですが、事前に検討されていたほうがよいポイントになります。