遅刻・早退についても減額は可能です。

賞与につきましては、会社業績、部門業績、個人業績を反映させたり、また、反映方法についても係数を乗じるのか、ポイント制とするのか、利益額から賞与原資を逆算するなど、支給額の算定方法は会社によって異なります。
欠勤・遅刻・早退などの勤怠の良・不良を支給額に反映する会社も多くあります。
（遅刻・早退3回につき欠勤1日と同様に調整（控除）するといったやり方などです）

ただし、これは支払うべき支給額を算出する段階においての話であり、支払うべき支給額を算出したあとに欠勤や遅刻・早退などを反映する場合は「減給」という制裁になります。

支給額算定方法として勤怠を反映することを明確にし、賞与制度の仕組みとして社員に対し周知しておくことをお勧めいたします。