ハラスメント行為かどうかという判断は相手の受けとめ方による部分も大きいので難しいところですが、国によっては採用にあたって国籍や出身国を聞くことが差別とされることがありますので、その方が生まれ育ってきた環境や文化によってはハラスメント行為と受けとめられてもおかしくないと考えます。

ところで採用にあたって帰化の意思を聞くのはどのような理由によるものでしょうか？
仮に国籍が採用上の重要な要件になるのであれば、募集要項に理由とともにそれを記し、面接時に改めて確認することでリスクを回避することが考えられます。
なお、ハラスメントになりうる質問を全てあげることは現実的ではありませんが、国籍、出身国、人種、宗教、既婚・未婚、家族関係等採用しようする仕事のスキルや経験以外のものはその可能性があると考えた方が適切でしょう。