有休の付与として取り扱うことはできませんが、会社からの呼び出しによる勤務のため、
本人に不利にならないような措置を設けるのがよいでしょう。

年次有給休暇は、時間単位年休の場合を除き、原則として一日（暦日単位）で付与されます。
前日の勤務から一時帰宅し、その後再び出勤した翌日深夜1時過ぎから6時半頃までの約5時間半の
勤務時間については新しい暦日（翌日）の勤務時間となりますので、その日の通常勤務を
休んだとしても、一日の有休を与えたことにはなりません。
時間単位年休の制度があれば有休をあてることは可能ですが、ない場合でも会社の呼び出しに
よる深夜勤務のため、本人の不利益とならないよう、その日の賃金を100％支給するような
何らかの救済措置を設けるのがよいかと考えます。