まず、社内と顧客先で所定労働時間が異なったとしても、社員が従うべき就業規則は所属する会社の就業規則です。
顧客先で勤務する就業形態の中では、実質的には顧客先の就業規則（服務規律など）にある程度沿う形になると思われますが、労働時間や賃金の面では自社の就業規則に従います。

いわゆる「残業」は2つの要素から成り立っています。
一つは「法定時間外」で、1日8時間、1週40時間の法定労働時間を超えた部分の労働時間を指し、2割5分増しの割増賃金が支払われます。
もう一つは「所定時間外」で、会社の定める所定労働時間を超え、法定労働時間までの労働時間を指し、割増賃金はございません。

したがいまして、1日の所定労働時間が7.5時間の場合には、7.5時間を超え、8時間までの0.5時間は所定時間外として労働時間を集計（割増賃金はなし）し、8時間を超える時間については法定時間外として労働時間を集計（割増賃金あり）します。残業は法定時間外と所定時間外から成り立っていますので、8時間を超える部分だけの集計だけでなく、どちらの時間も集計が必要です。

また、祝日の代わりに土曜日の出勤をした場合の集計につきましては、御社規定で祝日の出勤が定められている場合で、社員が祝日と土曜日を振替した場合には、時間外には当たりません。

最後に、原則として日や週をまたいだ残業時間の計算はできません。1日1日で勤務時間を確定させ、1日8時間、週40時間という法定時間外の基準をどちらか一方でも超える場合には、法定時間外として集計を行います(両方の基準を超える時間外数の場合には時間数の多い方を採用)。
36協定にてひと月45時間の時間外労働を可能としているとのことですが、ご記載の例である残業50時間では、法定時間外の2つの基準に照らして集計される時間数が法定時間外として加算されます。ただし、一か月変形労働時間制などの変形労働時間制を導入している場合にはこの限りではありません。