民法上ではいつでも雇用契約解約の申し出をすることができ、申し出から2週間経てば契約終了となることから、規程でいくら期間を長く定めていても、辞めようとする従業員に対して拘束力があるのもではありません。
従業員に対して訓示、一定の抑止力として2週間以上の期間を設定することは問題ありませんが、それでも1ヶ月程度が限度でしょう。

逆に、3ヶ月という期間を明記することで、職業選択の自由や、退職の自由を奪っている、と指摘される恐れもあります。
とはいえ、引継ぎなしで辞められることも防止したいのは当然です。

規程上は「遅くとも1ヶ月前には申し出」とした上で、上長が退職希望の部下とのコミュニケーションの中で、引継ぎをきちんとやってほしい旨を伝え、説得できるかがポイントですので、日頃から信頼関係を築いておくことが一番です。