貴社の就業規則の内容が不明ですが、休職の事由に「特別な事情があり休職させることが適当と認められるとき」といった文言を入れているようでしたら、今回の申し出が適当であるか検討が必要となります。
今回休暇を認めると、他の従業員の方から申請があった場合も認めざる得ず、それが重なってしまえば業務にも支障が出てくることが懸念されます。
どの程度福利厚生として認めるのか、基準を設けた方が良いでしょう。

なお、給与については有給との規定がなければ、ノーワークノーペイの原則により支払いは不要です。貴社規則をご確認下さい。

厚生年金保険と健康保険は、保険料免除の事由に該当しませんので、従業員から保険料を徴収し、また、会社も負担しなければなりません。
貴社就業規則に休職時等の保険料の取り扱いにかかる定めがないようでしたら、規定されることをお勧め致します。また、休業・休職願の条文に規定しておくこともご検討下さい。トラブルを防ぐために事前に本人との話し合いの上、進めるようお願い致します。
また、雇用保険については給与の支払いがなければ発生しません。