日割りの計算式に関しては法律上ひとつに決まっているものではございませんので、ご質問にあります(1)(2)どちらの方法をとっても違法とはなりません。

現在、規程には「日割りで支給する」ということしか記載がないということですが、今回のように個々のケースで判断を迷う点が発生することから、どういった場合に、どのような計算式で日割り支給を行うかを明記しておかれることをお勧めいたします。
　
例：計算期間途中での入社、退職、休職、復職の場合は下記の計算式により日割りにて支給する。
　　　月給÷月平均所定労働日数×実際の出勤日数

ご質問の産前休暇にはいられた場合の計算式ですが、従来(2)月給÷20日（月平均所定労働日数）×実際の出勤日数　で計算されているということですので、今回もこちらの適用で差し支えありません。
同じ日割り計算であれば事由を問わず、同じ計算式を使用したほうが合理的と考えます。