はじめに、帰省旅費が非課税となるのは、「単身赴任者が会議等のため職務遂行上の必要に基づく旅行を行い、これに付随して帰宅する場合に支払われる旅費に限られること。」とされており、ご質問のケースのように、帰省する費用を実費で支払ったとしても非課税とはなりません。

単身赴任手当の支給基準を減額する という件について、御社内で単身赴任手当がどのように定義されているかわかりかねますが、一般的には家族と別居せざるを得ない従業員に対し、二重生活にかかる負担を補うために支給される手当と考えられます。

よって、帰省旅費を実費で支給する代わりに単身赴任手当を減額することは不利益変更に当たると言えます。
ただし、ご質問文にある通り多くの社員が帰省費用として使用しており、手当を減額しても実費で支給することで従業員の同意を得られれば、手当の減額は可能かと思いますが、業務の都合などで帰省することができない従業員にとっては不公平感を感じる方も出てくると思いますので、見直しについては十分検討されたほうが良いかと存じます。