賃金の請求につきましては、労働基準法115条において2年間有効とされています。

しかしながら、賃金支払期ごとの時効の起算点については法律上特に明示されている訳ではございません。
一般的には、本来支給されるべき支給時期から起算することとなるため、毎年、5月1日付けで昇給を行い、遡及支払分も含め7月に支払を行っているのであれば、昇給時点から起算するのが妥当かと思われます。

今回のケースについては、会社と組合双方で未払いには気づかなかったとご質問の中では書かれていらっしゃいますが、あくまでも会社の認識不足により生じている未払い額であるため、時効の問題はございますが、基本的にはきちんと精算されることをお勧めいたします。