年末調整は、原則的に本年最後の給与の支払いをするときに行うことになっているため、通常は12月に行うことになります。
もっとも、例外的に年の途中で非居住者となった人においては、非居住者となったときに、年末調整が行われることになります。
ご質問の元社員様においては、8月に海外のグループ会社に入社されていることから、8月の時点において非居住者となったため、この時点での年末調整が可能であったものと思われます。
、一度税務署に事情を説明し、現時点においても年末調整が可能であるか、問い合わせてみることをお勧めします。