ご質問の件は、社員と配偶者の所得税額算出の際の所得控除についてはそれぞれ個別で対応すること、基礎控除とは「すべての納税者が差し引ける所得控除」であることから、配偶者の基礎控除と社員の配偶者控除が重複して適用していることにはならないとご理解いただけると思います。
配偶者は就職先で年末調整すると給与収入50万円から給与所得控除65万円と基礎控除38万円の適用を受けることができますので、課税所得金額は0円、所得税は0円となります。このように配偶者は配偶者自身の税額算出の際に基礎控除を受けています。
一方、社員の年末調整では配偶者の税額算出とは全く別で考えますので、社員の方の給与所得控除65万円と基礎控除38万円の適用を受けた上で、配偶者が所得税法上の扶養要件（合計所得金額38万円以下）に該当すれば、社員は配偶者控除の適用を受けられることとなります。

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