給与所得における所得税課税については、初めてその会社に勤務する際に、その対象者が「給与所得者の扶養控除等の（異動）申告書」を提出するか否かにより、その課税方法が異なります。

そもそも当該申告書を作成・提出する意義は「給与の支払を受ける人（給与所得者）が、その給与について配偶者控除や扶養控除、障碍者控除などの控除を受けるために行う手続き」「個人住民税の「給与所得者の扶養親族申告書」と統合した形式の手続き」でありますが、
ここで重要なのは、「提出先会社において、給与所得者が主たる給与として源泉課税を行う手続き」であることです。

主たる給与として対象者が申告することで、源泉課税は甲欄の税額表を利用して計算が可能となります。掛け持ちして給与所得を得る所得者が、複数の会社のうち、その会社一社を主たる給与として源泉課税をするか否かは、申告者ご本人でしかわかりえないものであります。
ついては、ご入社時に、申告書を提出する意義を対象者に説明の上、申告するか否かを確認する必要がございます。 　　　　

この度のケースでは、グループ会社とはいえ、それぞれ別に給与支給があり、課税計算も別に行われております。
よって、該当のスタッフに対し、申告書の提出意義を説明の上、いずれかの会社の課税計算に利用する税額表を甲欄から乙欄に修正となる旨お伝え下さい。また乙欄に修正された給与は、年末調整の対象にならず、確定申告となります。従前まで甲欄計算をしていた給与計算については、乙欄計算により再計算をし、不足税額を調整してください。

尚、会社や個人は、従業員への給与支給において、所得税及び復興特別所得税を差し引いて国に納める義務があり、それを源泉徴収義務者といいます。源泉徴収義務者は、この納付義務により、課税処理を適正に処理することが求められるため、会社が知りえないまま処理を行うことは難しいと思われます。

そこで、今後の対策として、入社時における申告書提出意義の説明と、申告書の提出が無い限り、乙欄（支払い形態によっては丙欄）にて給与計算を行うことを徹底頂くこととなります。
更に、既存のスタッフについては年末調整時に申告書提出意義を再確認し、本来提出義務の無い対象者が甲欄計算されていましたら、乙欄に変更の上、ご本人に確定申告頂くようご指導下さい。


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