従業員に賞与を支給した場合、事業主は支給日から5日以内に「賞与支払届」を日本年金機構へ提出しなければなりません。
今回のように、同一月内に2回以上賞与を支給することが事前に分かっている場合は、最後の支給日を「賞与支払年月日」とし、合算した賞与額を一括で届け出ることが認められています。その際、備考欄に「同一月内の賞与合算（初回支払日〇月〇日）」と記載します。

社会保険料の徴収にあたっては、注意が必要です。
標準賞与額は、複数回分を合算し、1,000円未満を切り捨てて決定されます。たとえば、1回目300,400円、2回目100,800円なら合計401,200円で、標準賞与額は401,000円となり、これに基づいて保険料が計算されます。
注意すべき点として、支給ごとに個別に標準賞与額を算出して控除すると、合計額に誤差が生じ、正しい保険料が徴収できなくなる恐れがあります。先程の例でいうと、標準賞与額が1回目は300,000円、2回目は100,000円で計算されます。実際の標準賞与額は401,000円ですので、それらの合計値と一致しません。
これを防ぐには、1回目はそのまま処理し、2回目の計算時に合算後の標準賞与額で計算した保険料から1回目の分を差し引いた額を控除する必要があります。

なお、健康保険の標準賞与額には年間573万円、厚生年金には月150万円の上限があり、これを超える場合は調整が必要となりますので、その点もご注意ください。