ご認識の通り、今年の6月支給の給与から、定額減税の処理を行っていただいているかと存じます。
この処理は、「月次減税事務」と呼ばれるものです。
一方、年末調整処理の際には、「年調減税事務」を行っていただく必要がございます。

以下、国税庁の特設サイトをご案内します。

▼定額減税特設サイト
https://www.nta.go.jp/users/gensen/teigakugenzei/index.htm
▼令和6年分所得税の定額減税のしかた
chrome-extension://efaidnbmnnnibpcajpcglclefindmkaj/https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/0023012-317.pdf

年調減税事務は、以下の3点になります。
① 対象者の確認
月次減税事務の際と同様、減税の対象となる扶養者を確認します。
② 年調減税額の確認
①で求めた人数に応じた減税額を計算します。
③ 年調減税額の控除
最終的な税額（年調所得税額）から②で求めた年調減税額を控除します。この時点で、定額減税が適用され、最終的な税額が確定する形となります。

月次減税事務は毎月の給与から控除する所得税額に定額減税額を充当し、控除額を小さくするものです。
年調減税事務は定額減税を適用した、本当の意味での最終的な税額を確定する処理となります。

ここで重要なのは、「①対象者の確認」です。
扶養者の人数により年調減税額が変更となりますことから、従業員様への還付・徴収額への影響が大きくなります。
特に、年末での出生、扶養者の死亡については、すみやかに報告していただくよう、予め注意喚起していただくのがよろしいかと存じます。

また、月次減税事務開始時点から、対象者の変更が生じている可能性もあります。
ですが、あくまでも通常の年末調整時同様、年末時点での状況で申告していただくよう、従業員様へご案内をしていただきますよう、お願い致します。
対象者の変更があった場合、最終的な還付・徴収額に大きく変動が生じる可能性がありますので、この点も予めお伝えしておくとよいでしょう。

その他、定額減税のために、年末調整の帳票の変更を予定しているものがございます。
合わせて、ご確認ください。

▼変更を予定している年末調整関係書類（事前の情報提供）
https://www.nta.go.jp/users/gensen/nencho_shorui/index.htm