育児休業中の社会保険料の免除については被保険者が次のアからオの育児休業等を取得している期間について行う事が出来ます。
ア．1歳に満たない子を養育するための育児休業
イ．保育所待機等特別な事情がある場合の1歳6カ月に達する日までの育児休業
ウ．保育所待機等特別な事情がある場合の2歳に達する日までの育児休業
エ．1歳（上記イの場合は1歳6カ月、上記ウの場合は2歳）から3歳に達するまでの子を養育するための育児休業の制度に準ずる措置による休業
オ．産後休業をしていない労働者が、育児休業とは別に、子の出生後8週間以内に4週間まで2回に分割して取得する休業（産後パパ育休）

※日本年金機構【従業員（健康保険・厚生年金保険の被保険者）が育児休業等を取得・延長したときの手続き】のページより一部抜粋
https://www.nenkin.go.jp/service/kounen/hokenryo/menjo/ikuji-menjo/20140327-05.html

今回はエの「1歳（上記イの場合は1歳6カ月、上記ウの場合は2歳）から3歳に達するまでの子を養育するための育児休業の制度に準ずる措置による休業」に該当するかどうか、という事になります。子供が2歳になるまで育児休業が取得できると定めている、というお話の通り御社の育児休業の制度に準ずる措置による休業はお子様が2歳になるまでしか取得が出来ない、という事になります。ですのでそれ以降に休職を認めそれがお子様を養育する為であるとしてもそれは育児休業の制度に準ずる措置による休業ではない為、社会保険料免除の要件には該当しない、というのが回答になるかと存じます。また健康保険組合に加入されている場合、免除の申請と同時にその期間が育児休業の制度に準ずる措置による休業かどうかを確認する為、就業規則等の添付を求められるところもあるようです。

今現状ではお子様が2歳になるまでしか育児休業を認めていないという事ですがその期間自体を改めて見直すという機会にして頂くのが良いかと存じます。
お子様が2歳になってそれでも育児休業から復帰できない場合には休職を認める、という事であればそもそも育児休業の期間自体を規定で伸ばせば良い、という事になります。もちろん規定に定めれば社員の方全員に適用されることになりますので慎重に検討をされるべきですが、会社として育児休業取得(予定)者の方へより良い制度の構築というのは非常に意義のある事かと存じます。