有給休暇の賃金の計算方法については労働基準法第39条9項で規定されております。
（労働基準法第39条9項・抜粋）
「使用者は、就業規則その他これに準ずるもので定めるところにより、それぞれ、平均賃金若しくは所定労働時間労働した場合に支払われる通常の賃金又はこれらの額を基準として厚生労働省令で定めるところにより算定した額の賃金を支払わなければならない。ただし、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、その期間又はその時間について、それぞれ、健康保険法第四十条第一項に規定する標準報酬月額の三十分の一に相当する金額、又は当該金額を基準として厚生労働省令で定めるところにより算定した金額を支払う旨を定めたときは、これによらなければならない」

上記によると有給休暇の賃金計算方法は以下の3つとなります。
① 平均賃金
② 通常の賃金
③ 標準報酬日額

今回のご質問のアルバイトの有給休暇の賃金計算ですが、貴社の賃金規程に「通常の給与で支給する」と決められておりますので、通常の賃金で計算されるのがよろしいかと思います。
通常の賃金とは、勤務時間がシフトにより日によって異なるとの事ですが、シフトを組む際にその日に働く予定だった勤務時間に時給を乗じて計算をします。
なお、シフトによっては有給休暇を取得した日によっては支払われる賃金が変わってくるのでアルバイトの方にはあらかじめご説明されるのがよろしいかと思います。

また、賃金が日によって異なるのを避けるために平均賃金で計算したいとお思いになるかもしれませんが、計算方法はあらかじめ就業規則に規定しておく必要がございますので、貴社では通常の賃金以外で計算することはできませんので、ご注意ください。