有給休暇の申し出をされたのが、育児休業の申し出をされる前か後かによって変わってまいります。年度の初めに有給休暇の申請をされたとのことですが、それが今回の育児休業の申し出より前であるのであれば育児休業中であっても有給休暇の取得は可能です。但し、育児休業中に有給休暇を取得する必要性がないとご本人様が判断されるのであれば労使で話し合い有給休暇取得の撤回という取り扱いをされても良いのではないかと存じます。もちろん、そのまま有給休暇の取得として取り扱って頂いても構いません。その際は通常と同様に有給休暇を取得された際の給与の支給が必要になりますし、育児休業給付金を受給されているのであれば支給された賃金を申し出する必要があります。その際、金額によっては育児休業給付金の減額、及び不支給となることも考えられます。
また、有給休暇の申し出をされたのが、育児休業の申し出をされた後であればそれは既に育児休業が決まっている日において有給休暇の申請をしていることになります。労働を免除されている日において有給休暇を取得する余地はございませんので、この場合に関しては有給休暇の取得は出来ない、という事になります。

また育児休業に年度の途中で入る場合でも、年5日の有給休暇の取得義務は生じます。今回の方の有給休暇の付与日数が不明ですので取得義務の対象か否かは分かりかねますが、その点も考慮された方が良いかと存じます。