住宅借入金等特別控除または特定増改築等住宅借入金等特別控除（以下「住宅借入金等特別控除」とします）の適用を受けるには控除を受けるその年の12月31日時点でその家に住んでいることが条件となります。
　しかし、一定の要件を満たす場合においては、住宅借入金等特別控除を適用することが可能です。

一定の要件とは以下のとおりです。
・家族全員で転居し、年内に戻ってくる場合
　以下の書類を所轄税務署長に提出することで住宅借入金等特別控除の再適用が認められます。
　① 「転任の命令等により居住しないこととなる旨の届出書」
　② 未使用分の年末調整のための（特定増改築等）住宅借入金等特別控除証明書兼給与所得者の（特定
　　増改築等）住宅借入金等特別控除申告書
　ただし、転居したことで一度要件を満たさなくなってしまう為、再適用を受けるには確定申告が必要となります。（再居住した年分については年末調整における控除はできません。）
　また、年をまたいで戻って来た場合にも、再居住した年から再適用を受ける事が可能です。

・単身赴任の場合
　単身赴任で住宅借入金等特別控除を適用するには、以下の条件を満たす必要があります。
　① 家屋の所有者が、転勤、転地療養その他のやむを得ない事情(単身赴任等)により、配偶者、扶養親
　　族その他生計を一にする親族と日常の起居を共にしない場合。
　② その住宅の取得等の日から6か月以内にその家屋にこれらの親族が入居し、その後も(その年の12
　　月31日まで)引き続き居住している。
　③ 当該やむを得ない事情(単身赴任等)が解消した後はその家屋の所有者が共にその家屋に居住するこ
　　とと認められる。

　ただし、海外単身赴任の場合は会社が行う出国時の年末調整では住宅借入金等特別控除の適用はありません。ご自身で確定申告の手続きを行う必要がある上、平成28年3月31日以前に住宅の取得等をした場合には、単身赴任の場合でも住宅借入金等特別控除の適用はありません。
　
　上記のように、条件によって住宅借入金等特別控除が適用になるかどうかの判断が変わって参りますので、今回該当の従業員様のご状況を今一度ご確認頂ければと存じます。