ご認識の通り、労使協定を締結すれば、 年に５日を限度として、時間単位で年次有給休暇を与えることができます。ただし、分単位など時間未満の単位は認められていません。
所定労働時間が7時間30分のように分単位で決められている場合は１時間未満の時間数を1時間として取り扱うことになります。

（例）１日の所定労働時間が７時間３０分で５日分の時間単位年休
→ ７時間３０分を切り上げて１日８時間とする。
→ ８時間×５日＝４０時間分の時間単位年休
(７時間３０分×５日＝３７時間３０分を切り上げて３８時間ではない。）

日によって所定労働時間数が異なる場合は、１年間における１日平均所定労働時間数
（これが決まっていない場合は決まっている 期間における１日平均所定労働時間数）を基 に定めます。

厚生労働省　(時間単位年休関係)
https://www.mhlw.go.jp/new-info/kobetu/roudou/gyousei/kantoku/dl/091214-1_04.pdf)