「専門業務型裁量労働制」とは、業務の性質上、業務遂行の手段や方法、時間配分等を大幅に労働者の裁量にゆだねる必要がある業務として厚生労働省令等によって定められた業務（19業務）の中から、対象となる業務を労使で定め、労働者を実際にその業務に就かせた場合、労使であらかじめ定めた時間働いたものとみなす制度です。

貴社は専門業務型裁量労働制を採用されているとのことで、専門業務型に絞って回答致します。
2024年4月の改正事項は以下となります。

【１】専門業務型の対象業務が追加
これまでの19業種に、「銀行または証券会社における顧客の合併および買収に関する調査または分析およびこれに基づく合併および買収に関する考案および助言の業務」が追加されます。

【２】導入・継続に必要な手続き
2024年４月１日以降、新たに、又は継続して専門業務型裁量労働制を導入するためには、2024年3月末までに以下を労使協定で定め、労働基準監督署へ届け出なければなりません。
・本人の同意を得ること
・同意をしなかった場合に不利益取り扱いをしないこと
・同意の撤回の手続きを定めること
・同意とその撤回に関する記録を保存すること

これまでは専門業務型裁量労働制では個別に同意を得ることを要しませんでしたが、個別に同意が必要となることが、大きな変更点となります。同意しなかった労働者には、通常の労働時間制を適用することとなります。
新たな協定届の書式は、厚生労働省令にて確認できますが、Word等のフォーマットはまだ公開されていません。
厚生労働省令第三十九号
https://www.mhlw.go.jp/content/001080852.pdf

なお、【２】は企画業務型裁量労働制において労使委員会の決議に定めることがすでに義務づけられています。労使協定に追加すべき条文や同意書フォーマット等は、企画業務型を参考にすると良いでしょう。

最後に、貴社は「会社が定めたある一定レベルに達した社員を対象」としているとのことですが、ご質問では対象業務に該当しているか不明です。貴社対象者の業務内容を見直し、裁量労働制が適用できるか否かの再確認をお願いします。