お問い合わせの件につきまして、恐らくは転居等の理由により給与支払報告書が転送されたため、提出先の市町村では提出状況が確認できない状態になっていることが原因かと存じます。

給与支払報告書は、従業員様の申告に基づき、提出年の１月１日にお住いの住所を所轄する市町村に提出されているかと存じますが、提出先の市町村に住民登録が無い等、居住していないと判断された場合、居住されていると思われる住所のある市町村に給与支払報告書が転送されることがございます。

この場合、提出先では給与支払報告書は受理されていない、と扱われ、その市町村からは決定通知書が届きません。
決定通知書は転送先から届くことになるのですが、給与支払報告書が転送された場合、転送されるまでに時間がかかることがあり、６月の更新時までに決定通知書が届かない場合がございます。

また、転送先の市町村についても、いつ、どの市町村に転送したかどうかについては教えて頂けない、もしくは転送先の記録が残っていないことがあるため、この場合、結果として６月時点で給与支払報告書の提出状況が確認出来ないという状況になります。

こういった場合は、まずは対象の従業員様に、１月１日時点にお住いの住所をご確認願います。
その後、該当の市町村に連絡し、現在の提出状況をご確認下さい。
その際、もしまだ転送された給与支払報告書が受理されていない場合は、改めて給与支払報告書を提出する等、対応方法をご案内頂けるかと存じますので、それに従いお手続きを行ってください。
※実際のお手続き方法は市町村により多少異なるため、よくご確認願います。

お手続きを行い、給与支払報告書が受理されれば後日決定通知書が届きますので、税額を特別徴収に反映させて下さい。
※市町村により決定通知書が届くまでの期間が異なるため、発送時期についてはご確認願います。

なお、転送等の理由により決定通知書の到着が遅れた場合は、初回の徴収が７月以降になることがございます。
従業員の方には、住民税の徴収が７月以降になる理由についてご説明し、不安を与えることが無いようご対応下さいますようお願いいたします。