変形労働時間制の場合、以下の時間外労働を累計することとなります。
①　日について、1日の所定労働時間が8時間超の日はその時間を超えた時間、8時間以下の日は8時間を超える時間
②　週について、週の所定労働時間が40時間超の週はその時間を超えた時間、40時間以下の週は40時間を超えた時間（①の時間を除く）
③　変形労働時間制の対象期間について、対象期間の法定労働時間の総枠を超えた時間（①②の時間を除く）

1か月60時間超の時間外労働の算定には、法定休日（貴社の場合日曜日）の労働は含まれませんが、それ以外の休日の労働は含まれます。

日について、貴社の所定労働時間は7時間50分ですが、8時間を超えた時間外労働が対象となります。
週については、5日勤務の週は40時間を超えた時間が、6日勤務の週は47時間を超えた時間が対象となります。
また、1か月単位の変形労働時間制ですので、変形期間の終わりに法定労働時間の総枠を超えたか確認します。日、週ごとに見た時間数に、総枠を超えた時間数を加え60時間を超えていたら、その時間も5割増が必要となります。

現在貴社では1日について所定労働時間を超えたところから2割5分の割増手当を支給していますが、4月以降は1日7時間50分を超え8時間までの時間と、8時間を超える時間を別々に管理することになります。
ただし、上記では集計が煩雑になるため、現在の方法を変更せず、2割5分増の時間数の累計が60時間を超えたら5割増としても良いでしょう。
なお、1日7時間50分を超え8時間までの時間を割増無しの時間外手当に変更することは、労働者にとって不利益変更となるため、望ましくありません。

最後に、3月16日から4月15日までの途中に施行日がありますが、3月31日までに時間外労働の累計が60時間を超えた場合は2割5分割増、4月1日以降は5割増となります。

勤怠システム等を利用し、適切な労働時間管理を行いましょう。