まず確認しなければいけない点としては就業規則と雇用契約書にどのように異動について定められているか、です。
多くの会社では、「会社は業務上の必要がある場合、社員に配置転換、勤務場所の変更及び、役職の任免等の人事異動を命じる。社員は正当な理由がない限り、これを拒む事が出来ない」といった定めをしているかと思います。
その場合、嫌がらせ等非合理的な理由ではなく、待遇が異動の前後であまりにもかわるなどの本人への不利益がない限りは、原則異動の発令は会社の自由です。
円満に解決できない場合の会社側のリスク、という点に関しては会社がどの点を優先させるのかによっても変化いたしますので一概には言えないかと思います。（上司の意見を優先させたいのか、管理職の辞職を防ぎたいのか、とにかく早く解決したいのか等）
「合わない人とは仕事をしたくない」では会社はなりたちません。
考え方が違うとしても会社としての理念・方向性は１つのはずですので、２人も最終的にはそこに向かうのが本来だと言えます。
人事は公正に双方の意見を聞き、事実関係を把握したうえで、会社の考えとして「上司がうまく当該管理職を活用してもらえばよい」ということであるならば、上司のマネジメント力の問題となりますので、上司の役割として期待するところをしっかりとお話することが大切でしょう。
また、２人の関係に影響を受ける同じ部署の社員にも十分な目を配り、ネガティブな空気にならないようにしていくことも必要となるかと思います。
会社としての戦略の部分になるかと思いますので、何を優先させるのかという方向性を明確にした上で一貫性を持った対処をするのがよろしいかと思います。

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