結論から申し上げますと、半日勤務日に使用した有給は原則1日分消化した扱いになります。
年次有給休暇は本来、時間を単位として休むものではなく、1労働日を単位として休むという制度になります。
ですので、その日の決められた所定労働時間分全て休む場合は、1日分消化するという運用が適切です。

ただし、就業規則などで時間単位の付与の規定がある場合は、4時間分時間単位の取得を認めるという運用にしても差し支えありません。
1点ご留意頂きたい点として、有給の時間単位の付与は年5日の取得義務にはカウントされません。
1日分消化するか時間取得するか選択肢がある場合は、そちらを説明したうえで従業員様に選択して頂くのがよいかと存じます。