まずは対象の市町村の担当部署（特別徴収担当窓口等）にご連絡下さい。

住民税過納分の還付については、対応につき以下が挙げられます。

①対象の市町村から還付請求書を送付して貰い、還付請求書を提出する。
②次月の特別徴収時に過納分を差し引いて納付する。
③過納の対象者に直接還付請求書を送って貰い、当人に直接還付して貰う。

①の場合は後日還付請求書が市町村から送られて参りますので、必要事項を記入して返送すれば過納額が振り込まれます。
この際、事前に社内の担当部門（経理部等）に何も連絡をしていないと、担当部門側でなぜ振り込まれたかが把握できず、混乱させることになりかねない為、忘れずに事前連絡をされることをお勧めいたします。

②の場合は次月の納付時に納付額を調整するだけであるため、手続きとしては簡単ではありますが、事前に市町村に連絡をしていない場合、納付額の不足と見なされて後日督促が届く場合がございます。
また、過納額の還付はあくまで過去の納付額の清算であるため、本来月次の納付とは別の手続きとなります。その為、月次の納付額から差し引くことは出来ません、と回答される場合がございます。
必ず事前に確認してから行うようにして下さい。

③の場合は企業を介さず直接当人に還付請求書を送って頂く形となる為、この方法をとった場合は企業側で何らかの手続きを行う必要はございません。
ただし、企業から特別徴収で納付を行っているため、還付するのも企業に対してで、個人には直接還付できません、と回答される場合がございます。こういった場合は①もしくは②にてご対応下さい。

不足による追加納付と異なり、過納による還付の場合は延滞金が発生することはございません。
また、企業側から特に連絡をしなくても後日市町村から還付通知は届きます。
しかし、企業側から連絡をしない場合は還付通知書が送付されるまで時間がかかる場合もございますので、変更通知書が届き、過納であることが判明した場合は早めに市町村に連絡頂き、対応されるのがよろしいかと存じます。