休憩は全労働者に一斉に付与することが原則であるため、もし小売部門の休憩時間をずらす場合は、労使協定の締結が必要となります。（労働基準法第34条）
以下の特定の業種については労使協定の締結は不要とされております。
・運輸交通業
・商業
・金融広告業
・映画・演劇業
・通信業
・保健衛生業
・接客娯楽業
・官公署

労働基準法等は「事業場」単位で適用されますが、「事業場」に該当するかどうかは「主として場所的観念によって決定すべき」とされています。
同一場所にあっても、「著しく労働の態様を異にする部門が存する場合に、その部門を主たる部門と切り離して別個の事業場としてとらえることによつてこの法律がより適切に運用できる場合には、その部門は別個の事業場としてとらえるものとする。」とされ、独立した事業として取り扱うこととなります。（行政通達　昭和47年9月18日　基発91号）

貴社の小売部門は「商業」ですが、上記のような独立性があるとは認められないのではと推測致します。貴社の主たる業種である食品製造業では休憩は一斉付与しなければいけませんので、一斉付与の対象としない部署や業務がある場合は、労使協定を締結して下さい。
また、就業規則への記載、変更の届け出も必要となります。

本社とは異なる場所に出店する場合、場所が独立しているため、「事業場」と認められる可能性が高いでしょう。休憩を一斉付与としない場合、「商業」ですから労使協定は不要です。