今回のケースでは、過半数代表者（過半数労組がない場合に、その事業場の従業員の過半数より選任された者）が物流センターの労働者代表となります。
会社全体で過半数の従業員が加入する組合がある場合でも、36協定の締結単位はあくまで事業場で、事業場ごとに従業員の組合加入状況を確認する必要があります。
事業場の従業員の過半数が組合員の場合は36協定は過半数労組と締結することになりますが、過半数が組合に加入していなければ会社全体で過半数が組合に加入していてもその事業場では過半数代表者との間で36協定を締結する必要があります。
本社、物流センター以外にも36協定を届出る事業場が他にもあるようでしたら、それらの事業場で組合加入状況を確認し、適切な労働者代表との間で36協定を締結するようにしてください。

余談ですが、今回のような全社的に単一の労働組合があり、この組合に各事業場の従業員の過半数が加入している場合は、その労組の代表者（執行委員長）と会社の代表者（社長）または権限を授権された人事部長等との上部機関の間で、各事業場の36協定を一括して締結することもできます（36協定自体はあくまでも各事業場について締結しますが、各事業場の協定を上部機関でまとめて締結するということです）。過半数の従業員が加入している事業場と加入していない事業場がある場合には、組合の上部執行機関と会社との間で協定できるのはあくまで過半数加入事業場分についてのみで、過半数加入でない事業場については別にその事業場単独での36協定が必要となるので注意が必要です。