ご質問の件ですが、こちらは人事異動におけるSEから事務職などといった職務変更ではなく、社員様の等級の変更という認識でご回答いたします。
まず、人事異動に関してはご指摘のように使用者の裁量権が認められております。
そのため、ご質問のような制度とすることも可能です。
しかしながら、こちらの制度につきましては以下の点についてデメリットがございます。
・人事異動におけるご本人様の納得性が得にくい。
・人事異動にて等級が下がるため、キャリアパスが描きにくい。
・人事異動への反発が起こり、スムーズに行われなくなる可能性がある。
人事異動において、懲戒や評価における降格や降給、職務変更における手当額の変更を除くと、基本給（等級）を下げることは上記により難しいかと考えます。そのため、人事異動に伴う降格は基本的には行わないほうがよろしいかと存じます。

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