扶養家族の概念がおかしいとのことで、まず就業規則・給与規程にはどのように記載があるのかご確認ください。
扶養といっても、健康保険法上の扶養と所得税法上の扶養、もしくは、会社独自の扶養の定義があるかと思います。

質問内容からだと、「世帯の中で最も年収が高い人を世帯主とする」と規定されているように思われますが、それ以外に何か規定されていないでしょうか？
もし規定されていないのであれば、「おかしい」という感覚は理解できます。

そもそも家族手当とは、一般的に家族を扶養することに関する金銭的負担に対する会社の補助だとされますので、質問中の例のように年収450円のご本人が年収440万円の配偶者を扶養しているかというと、そうではない可能性が高いかと思います。
（少なくとも、健康保険法、所得税法ともに扶養ではありません。）

ただ、もし就業規則・給与規程に特段のルールがない中で、これまで年収440万円の配偶者に対する家族手当を支給してきたのであれば、その支給ルールを変更する場合（配偶者が年収103万円未満等の基準を設ける、というような場合）は、それまで支給されていたものが支給されなくなるということになるので、不利益変更に該当します。

規程を変えるにあたっては、従業員によくよく説明の上、労働者代表の意見も聞いたうえで、行うようにしてください。