電車と自動車両方を使用している場合の非課税限度額は、次の①と②を合計した金額となります。（ただし1ヶ月あたり15万円が上限。）
①電車やバスなどの交通機関を利用する場合の1か月間の通勤定期券などの金額
②マイカーや自転車などを使って通勤する片道の距離で決まっている1か月当たりの非課税となる限度額

片道5kmの場合は非課税限度額は「マイカーなどで通勤している人の非課税となる1か月当たりの限度額の表」によると4,200円ですのでご質問のケースの場合の非課税限度額は、
12,500円（①）＋4,200円（②）＝16,700円
となります。