1か月単位または1年単位の変形労働時間制や、フレックスタイム制を導入していない前提で回答致します。

時間外労働については、まず1日単位で見て、その後1週単位で見ていくこととなります。
1日については8時間を超えた部分が、1週間については40時間を超えた部分が時間外労働となります。

貴社のカウント方法ですと、同月内に1日8時間を超える労働と遅刻早退等の不就労があった場合、相殺され時間外労働部分が見落とされることが考えられます。
よってカウント方法を改める必要がございます。