休暇について、特別休暇としてひとくくりに捉えられているようですが、休暇には法律で定められている休暇と法律上定めのない休暇がございます。
ご質問のケースでは①が法律上定めのない休暇、②は法律で定められている休暇です。
①は、労働基準法上必ず定めなければならない休暇ではありませんので休暇の取得要件、日数等、各事業場で独自に定めることが可能です。
②については介護・看護・育児休暇は育児介護休業法、出産（産前産後）・生理休暇は労働基準法に定めがありますので、法律を下回る基準を設けることは出来ません。
まず、介護・看護・育児休暇（休業）ですが、労使協定を結んでいれば入社6か月未満の労働者を対象外とすることは問題ありません。
出産（産前産後）・生理休暇については雇用形態を問わず、全ての労働者を対象とする必要がありますので、「入社6か月後」という除外規定を設けることは法の趣旨に反することになります。