就業規則は、労働者の就業上順守すべき規律および労働条件に関する具体的細目について定めた規範の総称であると解釈されていますので、その内容が労働者の規律、労働条件および労働基準法第89条に定める就業規則記載事項に関する規程の場合は、就業規則という名称が付されていなくても労働基準法に規定する就業規則と同一の性質を持つと解されますので届け出が必要となります。

会社規程が複数ある場合、どこまでが就業規則と同一性があるかの判断が必要となります。御社が作成されました「総合職登用制度規程」についても、判断のひとつとして「労働者のすべてに適用される」か否かがポイントとなります。

例えば一般的に旅費規程や慶弔見舞金規程などは、たとえ労働者のすべてに限らず一定の範囲の労働者のみに適用されるものであっても、労働者のすべてがその適用を受ける可能性がありますので、就業規則と同一性であると解され、就業規則と同様の届出が必要となります。
一方、今件の「総合職登用制度規程」の場合は労働条件には該当すると解されますが、対象者があくまで事務職に限定され、他の職種は適用しないなど、労働者全員がその対象とされるものではないことが明らかであるため、就業規則としての扱いではないと解され、届出は不要と思われます。