製造担当者の参加は必須としたとのことで、今回の研修は業務命令ですから、労働時間となります。
貴社の所定労働時間や休日が不明ですが、土曜日に研修を行った結果、1週間の労働時間が40時間を超える場合は、割増率1.25で計算した時間外手当が必要となります。
就業規則で日曜日が法定休日と規定され、研修実施日が日曜日であった場合は、割増率1.35で計算した賃金を支払うこととなります。

就業規則に休日の振替に関する規定はありますでしょうか。
当該規定があり、休日に研修を行うことが明らかな場合、事前に振り替える日を特定し、少なくとも前日の勤務終了時刻以前に周知すれば、その日は本来の労働日となり、休日ではなくなります。ただし振替後も4週4日の休日を確保しなければいけません。

なお、上記の要件を満たさず休日に労働をさせ、代わりの休日を与えた場合は代休となりますので、振替休日と異なり、休日労働に対する割増賃金を支払う必要があります。
同一週内で休日の振替ができない、または、事前の振り替える日を特定できないために1週間の労働時間が40時間を超えることがあったり、法定休日にも労働させることがあるのでしたら、時間外労働・休日労働に関する労使協定（36協定）の締結と労働基準監督署への届出がされているか、こちらも改めてご確認下さい。