労働条件通知書の保管期間の起算日は、労働基準法施行規則第56条で次のように定められています。
「雇入れ又は退職に関する書類については、労働者の退職又は死亡の日」
従って、労働条件通知書の保管期限の起算日は退職日となります。

対処については、おそらく労働基準監督官の臨検等、調査の際の対応をご心配なさっているのではないかとお見受けいたします。

これまで起算日を入社日と誤認識されていたため過失により誤って破棄してしまった旨を正直にご説明いただいた上で、すでに退職している社員については過去の賃金台帳等から復元できるものは分かる範囲で復元し、在籍している社員については現在の労働条件で改めて通知し直すことで対応が可能かと思われます。
そのうえで今後は退職日を起算日として保管されればよろしいのではないでしょうか。

今回のように起算日を誤って保管義務のある書類を破棄してしまった場合の対処として、電子媒体での保存をご検討されてみるというのも1つの方法です。
「法令で定められた要件を具備し、かつそれを画面上に表示し印字することができること」
「労働基準監督官の臨検時等、直ちに必要事項が明らかにされ、提出し得るシステムとなっていること」
「誤って消去されないこと」
「長期にわたって保存できること」
等の要件を満たせば、電子媒体での保存も認められております。