職種ごとに定年が異なる定めができるかと言えば、就業規則の定めに基づいて可能です。
定年年齢が異なるだけで退職金に関する取り扱いは変わりません。
定年まで勤め上げた方には基本的には制度上の満額支給、途中退職には減額支給の考え方は一般的だと思います。あくまでも退職金は法律上に払いなさいというものではありませんので、ある程度は柔軟に制度の運用ができます。（ここでの減額は懲戒事由による退職金減額のお話ではありません。）

職種により定年が変わるということは、恐らく勤務年数も上積みされますので、その分支給額は増えるかと思われます。それであれば定年前に自己都合で退職された場合は減額されることは自然であり、各職種の定年を意識した結果、退職金制度に影響がある方がむしろ不自然かと思います。