通勤手当に関しましては、法律上の定めは特に無く、その支給内容は個々の会社の任意、つまり就業規則上の規定に従って行うものとされています。
ご相談の件につきましても会社の就業規則（賃金規程）上の定めに従って決められるべき事柄です。その際、特に変更に関して取り決めがない場合は、当人の事情を聞いた上で増額が極端に多くならなければ育児支援の観点から承認することも1つの考え方ではないでしょうか。

税法上では、「その者の通勤に係る運賃、時間、距離等の事情に照らし最も経済的かつ合理的と認められる通常の通勤の経路及び方法による運賃等の額」に関し非課税とされています。保育園への送迎に関しましてはその生活上の必要性からして合理的と認められるものと思われますが、念の為税務署にてご確認ください。

また、保育所への送迎に関しましては、労災法上の通勤に関する「合理的な経路」に含まれますので、通勤手当支給の有無に関わらず労災適用となります。