会社側の協定当事者を営業所長の名として差し支えないかという前提で回答させていただきますが、以下の要件を満たしていれば、特に問題はありません（労働基準法第36条）。

1）「事業主、または事業の経営担当者、その他その事業の労働者に関する事項について、事業主のために行為をするすべての者」であること（労働基準法第10条）。
2）「部長、課長などの形式にとらわれることなく、実質的に一定の権限を与えられている者」であること（昭22.9.13発基17号）

営業所長が2）のように、その事業所に勤務する労働者の労働時間管理に関して一定の裁量権を持っているのであれば、その名前で届け出て差し支えないということになります。

次に、就業規則の変更届を社長の名前で行うことについてですが、そちらにつきましても問題はありません。
決められたフォーマットはありませんが、使用者の職名と氏名を記載することとされており、代表取締役社長などは当然に上記使用者にあたりますので、むしろその名で届け出ることが最も間違いありません。