変動月に1日でも一時帰休（休業・教育訓練を実施した場合を含む）を実施した場合には、変動月は一時帰休のない次月以降にスライドされ、一時帰休のあった月を変更月として月額変更を実施する事は出来ません。
もっとも、変更月が先の月になった場合でも、平均の基礎となる3カ月の報酬については、あくまで変更月より「3か月連続」でサンプルされることになります。

※例
4月　固定的賃金上昇　休業1日
5月
6月　休業1日
7月

以上のような勤務の場合、5月を変更月とし5.6.7月の報酬の平均を勘案し月額変更届を作成します。
6月に休業を実施しているからといって、6月が除外されることはありません。
※もっとも、以上の取り扱いは法律や通達によるものではなく、厚生局・健保組合等の内部文書での取り決めであるため、公式な文書等入手するには開示請求を要し、実際の運用の際には各局への確認をすることが望ましいでしょう。