まず、休日に行った研修が出勤とみなすかについては、行った研修が強制参加か、自由参加によって答えが変わってきます。
会社が業務命令で、研修の参加を強制させているのであれば、休日に行った研修は労働時間となります。

休日出勤時の賃金計算については、就業規則によって扱いが異なります。例えば、毎週日曜日を法定休日とするといった就業規則があれば、その日においては法定休日出勤となりますので、割増率1.35で計算した賃金を支払う必要があります。
もし法定休日ではない日だった場合、こちらは法定外休日出勤となりますので、週40時間を超えた部分については割増率1.25、超えていない部分については通常の単価を支払う必要があります。

また、休日に研修を行うことが明確な場合は、就業規則等で振替について定め、予め振り替える日を特定しておけば、その日は本来の労働日とすることができるので、週40時間を超えない限り、通常の単価で賃金を計算すれば問題ありません。とはいえ、労働基準法第三十五条では、『使用者は、労働者に対して、毎週少なくとも一回の休日を与えなければならない』と定められていますので、4週4日の休日の確保が前提となります。

なお、上記の要件を満たさず法定休日に労働をさせ、代わりの休日を与えた場合は代休の扱いとなりますので、振替休日と異なり、休日労働に対する割増賃金を支払う必要があるので注意が必要です。