まず、障害者の契約社員の方も5年経過後無期雇用転換のルールに該当するのかというご質問についてですが、ご認識の通り障害者の方であるからといって特例はなく、このルールに該当いたします。

次に、適用が除外されるような有期契約社員についてですが、
Ⅰ）「５年を超える一定の期間内に完了することが予定されている業務」に就く高度専門的知識等を有する有期雇用労働者
Ⅱ） 定年後に有期契約で継続雇用される高齢者
上記に当てはまる有期契約社員については特例を設ける法律が平成27年4月1日から施行される予定です。