市区町村から住民税の納付不足について連絡を受けた場合は、まず不足額と対象月を確認し、市区町村へ追納方法を確認しましょう。確認のポイントとしては、追納がいつまでに必要か、追納方法（納付書による支払や、翌月納付分への加算、等）を押さえておきましょう。また、延滞金の起算日や、追納時の手数料等の有無についても確認しておくことを推奨します。これらの対応は、市区町村により対応が異なりますので、必ず当該市区町村の担当窓口に問い合わせをして、確認しましょう。

次に、納付不足が生じた原因を確認します。給与システム上の金額は正しかったものの、納付時の入力などに誤りがあったのか、給与システムから出力したFBデータ自体が誤っていたのかを切り分けます。
後者の場合は、給与システムに登録・計算されている住民税額自体に誤りがないか、特別徴収税額決定通知書と照合してください。給与処理の数字が誤っている場合、翌月以降も誤った金額で給与控除や納付が行われる可能性があるため、給与システムの登録内容を必ず修正する必要があります。

次に、従業員の給与から控除した住民税額そのものが不足していた場合には、その不足分をどのように回収するかを検討する必要があります。現金や振込み等で本人から受け取る方法のほか、本人に説明したうえで翌月給与から精算する方法も考えられます。ただし、給与からの追加控除については、本人への説明、同意を得るなど、適切な方法で対応することが重要です。

なお、上記の金銭的な流れは、イレギュラーな対応となりますことから、入出金に携わる経理・財務部門の方と密に情報共有、連携する必要があります。

最後に、エラーの原因を分析し、再発防止に生かしていただくのがよろしいでしょう。