大きく「基本給に組み込む方法」と「別建ての手当として設ける方法」の2つに分かれます。

① 基本給に組み込む場合
基本給自体を引き上げる方法であれば、雇用契約書には改定後の基本給額を記載するだけで足ります。ただし、加算が廃止・減額された際に基本給の引き下げが困難になるリスクがある点に注意が必要です。
② 別建ての手当として設ける場合（実務上多いパターン）
「ベースアップ評価料手当」「処遇改善手当」などの名称で別手当として支給する方法です。雇用契約書への記載例としては、次の2つが考えられます。
【金額を明記する場合】

ベースアップ評価料手当　○○円
（診療報酬等の改定・算定状況により変動することがある）

【賃金規程に委ねる場合】

ベースアップ評価料手当　別途定める賃金規程による

後者の場合は、就業規則（賃金規程）の整備がセットで必要になります。賃金規程には、手当の趣旨・算定方法・変動の根拠・加算廃止時の取扱いを明確に定めておくことが求められます。

いずれの方法でも、加算が将来的に廃止・縮小された場合に減額対応できるよう、支給の根拠が加算制度であることおよび変動しうることを契約書または賃金規程上に明記しておくことが、後のトラブル防止につながります。