お問い合わせの件につきまして、結論から申し上げますと、非居住者の方の場合は課税総額から社会保険料を控除せず、課税総額に税率を掛けて所得税額を算出します。

【例】
　課税総額　　200,000円
　社会保険料　 30,000円
　税率　　　　　20.42％

　所得税額＝200,000円 × 20.42％＝40,840円
　※社会保険料は所得税計算には含めません。

非居住者に支払う給与は、原則として課税総額に一定の税率を掛けて所得税を算出する取扱いとなっており、社会保険料控除（所得控除）などは適用されません。
※租税条約の適用がある場合など、取扱いが異なるケースもございます。

結果として、従来どおり、社会保険加入前と同じ計算方法で所得税額を算出します。

ただし、社会保険料自体は給与から控除する必要があります。
この場合、社会保険料は所得税を算出した後に控除を行ってください。

【例】の場合では、以下のような計算結果になります。

　200,000円（課税総額）
　－40,840円（所得税）←課税総額に税率を掛けて所得税を計算
　－30,000円（社会保険料）
　＝129,160円（差引支給額）

上記のように、社会保険料を計算に含める箇所が、居住者であるか非居住者であるかで異なります。

給与計算の結果に関わる部分でございますので、非居住者の方が社会保険に加入された場合は誤りのないよう給与計算をお進めください。